- update to openbabel-2.2.0
- gcc4 is needed to build this now * improved force fields and coordinate generation, conformer searching, enhanced plugins including molecular descriptors, filters, and command-line transformations * many formats improved or added, including CIF, mmCIF, Gaussian cube, PQR, OpenDX cubes, and more * improved developer API and scripting support * many, many bugfixes
This commit is contained in:
ajacoutot
parent
629130ccee
commit
1504961432
@ -1,13 +1,12 @@
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# $OpenBSD: Makefile,v 1.4 2007/08/27 16:53:48 espie Exp $
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# $OpenBSD: Makefile,v 1.5 2008/08/20 16:08:11 ajacoutot Exp $
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COMMENT= chemistry file translation program
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V= 2.1.1
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V= 2.2.0
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DISTNAME= openbabel-${V}
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CATEGORIES= misc
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SHARED_LIBS+= inchi 0.1 # .0.1
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SHARED_LIBS+= openbabel 3.1 # .3.1
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SHARED_LIBS+= openbabel 4.0 # .3.0
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HOMEPAGE= http://openbabel.sourceforge.net/
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@ -21,7 +20,12 @@ PERMIT_DISTFILES_FTP= Yes
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MASTER_SITES= ${MASTER_SITE_SOURCEFORGE:=openbabel/}
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WANTLIB= c iconv m stdc++ z
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WANTLIB= c iconv m z
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# needs the __builtin_popcount built-in function (gcc>=3.4)
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MODULES+= gcc4
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MODGCC4_LANGS= c++
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MODGCC4_ARCHES= *
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SUBST_VARS= V
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@ -34,6 +38,8 @@ CONFIGURE_STYLE=gnu
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CONFIGURE_ENV= CPPFLAGS="-I${LOCALBASE}/include" \
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LDFLAGS="-L${LOCALBASE}/lib" \
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ac_cv_path_DOXYGEN=""
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CONFIGURE_ARGS= ${CONFIGURE_SHARED} --enable-inchi
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CONFIGURE_ARGS= ${CONFIGURE_SHARED} \
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--disable-inchi \
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--disable-wx-gui
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.include <bsd.port.mk>
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@ -1,5 +1,5 @@
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MD5 (openbabel-2.1.1.tar.gz) = oqACxpE9b7lP3H3t4hZhlA==
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||||
RMD160 (openbabel-2.1.1.tar.gz) = yPRiySoQk0Thz8IVvhaa4IiaCS0=
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||||
SHA1 (openbabel-2.1.1.tar.gz) = VxRrFGzxY6GE9kcNevFFPcs5qJo=
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||||
SHA256 (openbabel-2.1.1.tar.gz) = LjasKW1gyispZ0PnZrgYDRHBjqpGwJgIq+sok05k++U=
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||||
SIZE (openbabel-2.1.1.tar.gz) = 6149509
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MD5 (openbabel-2.2.0.tar.gz) = ZDoYx7oJJU026Tr9Ync0bw==
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RMD160 (openbabel-2.2.0.tar.gz) = rejmWrNyeNmvP/G5z7EVQ39S4Oo=
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||||
SHA1 (openbabel-2.2.0.tar.gz) = X9wIT7dE1drkzZ3b1S/h8MVslzs=
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||||
SHA256 (openbabel-2.2.0.tar.gz) = qJi3kzbHNyyQG8x+X4Pbe455+OhkvmomL1FbPgiLxgc=
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||||
SIZE (openbabel-2.2.0.tar.gz) = 6127264
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@ -1,6 +1,12 @@
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||||
$OpenBSD: patch-test_cml_sh,v 1.1.1.1 2007/01/22 16:32:41 ajacoutot Exp $
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||||
--- test/cml.sh.orig Fri Jan 19 11:09:42 2007
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||||
+++ test/cml.sh Fri Jan 19 11:09:51 2007
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||||
$OpenBSD: patch-test_cml_sh,v 1.2 2008/08/20 16:08:11 ajacoutot Exp $
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||||
--- test/cml.sh.orig Sat Jun 21 15:58:04 2008
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+++ test/cml.sh Tue Aug 19 13:19:23 2008
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@@ -1,4 +1,4 @@
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-#!/bin/bash
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+#!/bin/sh
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# test Open Babel with CML, if the CML test suite exists
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||||
builddir=`pwd`
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||||
@@ -15,7 +15,7 @@ fi
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||||
echo
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||||
echo "# Testing CML support..."
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||||
@ -1,71 +1,84 @@
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||||
@comment $OpenBSD: PFRAG.shared,v 1.2 2007/04/08 10:10:23 ajacoutot Exp $
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||||
@lib lib/libinchi.so.${LIBinchi_VERSION}
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||||
@comment $OpenBSD: PFRAG.shared,v 1.3 2008/08/20 16:08:11 ajacoutot Exp $
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||||
@lib lib/libopenbabel.so.${LIBopenbabel_VERSION}
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||||
lib/openbabel/APIInterface.so
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||||
lib/openbabel/CSRformat.so
|
||||
lib/openbabel/PQSformat.so
|
||||
lib/openbabel/acrformat.so
|
||||
lib/openbabel/alchemyformat.so
|
||||
lib/openbabel/amberformat.so
|
||||
lib/openbabel/balstformat.so
|
||||
lib/openbabel/bgfformat.so
|
||||
lib/openbabel/boxformat.so
|
||||
lib/openbabel/cacaoformat.so
|
||||
lib/openbabel/cacheformat.so
|
||||
lib/openbabel/cansmilesformat.so
|
||||
lib/openbabel/carformat.so
|
||||
lib/openbabel/cccformat.so
|
||||
lib/openbabel/cdxmlformat.so
|
||||
lib/openbabel/chem3dformat.so
|
||||
lib/openbabel/chemdrawcdxformat.so
|
||||
lib/openbabel/chemdrawctformat.so
|
||||
lib/openbabel/chemtoolformat.so
|
||||
lib/openbabel/cifformat.so
|
||||
lib/openbabel/cmlformat.so
|
||||
lib/openbabel/cmlreactlformat.so
|
||||
lib/openbabel/copyformat.so
|
||||
lib/openbabel/crkformat.so
|
||||
lib/openbabel/cssrformat.so
|
||||
lib/openbabel/dmolformat.so
|
||||
lib/openbabel/fastaformat.so
|
||||
lib/openbabel/fastsearchformat.so
|
||||
lib/openbabel/fchkformat.so
|
||||
lib/openbabel/featformat.so
|
||||
lib/openbabel/fhformat.so
|
||||
lib/openbabel/fingerprintformat.so
|
||||
lib/openbabel/freefracformat.so
|
||||
lib/openbabel/gamessformat.so
|
||||
lib/openbabel/gaussformat.so
|
||||
lib/openbabel/ghemicalformat.so
|
||||
lib/openbabel/gromos96format.so
|
||||
lib/openbabel/hinformat.so
|
||||
lib/openbabel/inchiformat.so
|
||||
lib/openbabel/jaguarformat.so
|
||||
lib/openbabel/mdlformat.so
|
||||
lib/openbabel/mmodformat.so
|
||||
lib/openbabel/mol2format.so
|
||||
lib/openbabel/molreportformat.so
|
||||
lib/openbabel/mopacformat.so
|
||||
lib/openbabel/mpdformat.so
|
||||
lib/openbabel/mpqcformat.so
|
||||
lib/openbabel/nwchemformat.so
|
||||
lib/openbabel/pcmodelformat.so
|
||||
lib/openbabel/pdbformat.so
|
||||
lib/openbabel/povrayformat.so
|
||||
lib/openbabel/pubchem.so
|
||||
lib/openbabel/qchemformat.so
|
||||
lib/openbabel/reportformat.so
|
||||
lib/openbabel/rxnformat.so
|
||||
lib/openbabel/shelxformat.so
|
||||
lib/openbabel/smilesformat.so
|
||||
lib/openbabel/thermoformat.so
|
||||
lib/openbabel/tinkerformat.so
|
||||
lib/openbabel/titleformat.so
|
||||
lib/openbabel/turbomoleformat.so
|
||||
lib/openbabel/unichemformat.so
|
||||
lib/openbabel/viewmolformat.so
|
||||
lib/openbabel/xedformat.so
|
||||
lib/openbabel/xmlformat.so
|
||||
lib/openbabel/xyzformat.so
|
||||
lib/openbabel/yasaraformat.so
|
||||
lib/openbabel/zindoformat.so
|
||||
lib/openbabel/${V}/APIInterface.so
|
||||
lib/openbabel/${V}/CSRformat.so
|
||||
lib/openbabel/${V}/MCDLformat.so
|
||||
lib/openbabel/${V}/PQSformat.so
|
||||
lib/openbabel/${V}/acrformat.so
|
||||
lib/openbabel/${V}/adfformat.so
|
||||
lib/openbabel/${V}/alchemyformat.so
|
||||
lib/openbabel/${V}/amberformat.so
|
||||
lib/openbabel/${V}/balstformat.so
|
||||
lib/openbabel/${V}/bgfformat.so
|
||||
lib/openbabel/${V}/boxformat.so
|
||||
lib/openbabel/${V}/cacaoformat.so
|
||||
lib/openbabel/${V}/cacheformat.so
|
||||
lib/openbabel/${V}/carformat.so
|
||||
lib/openbabel/${V}/cccformat.so
|
||||
lib/openbabel/${V}/cdxmlformat.so
|
||||
lib/openbabel/${V}/chem3dformat.so
|
||||
lib/openbabel/${V}/chemdrawcdxformat.so
|
||||
lib/openbabel/${V}/chemdrawctformat.so
|
||||
lib/openbabel/${V}/chemkinformat.so
|
||||
lib/openbabel/${V}/chemtoolformat.so
|
||||
lib/openbabel/${V}/cifformat.so
|
||||
lib/openbabel/${V}/cmlformat.so
|
||||
lib/openbabel/${V}/cmlreactformat.so
|
||||
lib/openbabel/${V}/copyformat.so
|
||||
lib/openbabel/${V}/crkformat.so
|
||||
lib/openbabel/${V}/cssrformat.so
|
||||
lib/openbabel/${V}/dmolformat.so
|
||||
lib/openbabel/${V}/fastaformat.so
|
||||
lib/openbabel/${V}/fastsearchformat.so
|
||||
lib/openbabel/${V}/fchkformat.so
|
||||
lib/openbabel/${V}/featformat.so
|
||||
lib/openbabel/${V}/fhformat.so
|
||||
lib/openbabel/${V}/fingerprintformat.so
|
||||
lib/openbabel/${V}/freefracformat.so
|
||||
lib/openbabel/${V}/gamessformat.so
|
||||
lib/openbabel/${V}/gamessukformat.so
|
||||
lib/openbabel/${V}/gausscubeformat.so
|
||||
lib/openbabel/${V}/gaussformat.so
|
||||
lib/openbabel/${V}/gausszmatformat.so
|
||||
lib/openbabel/${V}/ghemicalformat.so
|
||||
lib/openbabel/${V}/gromos96format.so
|
||||
lib/openbabel/${V}/hinformat.so
|
||||
lib/openbabel/${V}/inchiformat.so
|
||||
lib/openbabel/${V}/jaguarformat.so
|
||||
lib/openbabel/${V}/mdlformat.so
|
||||
lib/openbabel/${V}/mmcifformat.so
|
||||
lib/openbabel/${V}/mmodformat.so
|
||||
lib/openbabel/${V}/mol2format.so
|
||||
lib/openbabel/${V}/moldenformat.so
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||||
lib/openbabel/${V}/molreportformat.so
|
||||
lib/openbabel/${V}/mopacformat.so
|
||||
lib/openbabel/${V}/mpdformat.so
|
||||
lib/openbabel/${V}/mpqcformat.so
|
||||
lib/openbabel/${V}/msiformat.so
|
||||
lib/openbabel/${V}/msmsformat.so
|
||||
lib/openbabel/${V}/nwchemformat.so
|
||||
lib/openbabel/${V}/opendxformat.so
|
||||
lib/openbabel/${V}/pcmodelformat.so
|
||||
lib/openbabel/${V}/pdbformat.so
|
||||
lib/openbabel/${V}/pngformat.so
|
||||
lib/openbabel/${V}/povrayformat.so
|
||||
lib/openbabel/${V}/pqrformat.so
|
||||
lib/openbabel/${V}/pubchem.so
|
||||
lib/openbabel/${V}/qchemformat.so
|
||||
lib/openbabel/${V}/reportformat.so
|
||||
lib/openbabel/${V}/rsmiformat.so
|
||||
lib/openbabel/${V}/rxnformat.so
|
||||
lib/openbabel/${V}/shelxformat.so
|
||||
lib/openbabel/${V}/smilesformat.so
|
||||
lib/openbabel/${V}/thermoformat.so
|
||||
lib/openbabel/${V}/tinkerformat.so
|
||||
lib/openbabel/${V}/titleformat.so
|
||||
lib/openbabel/${V}/turbomoleformat.so
|
||||
lib/openbabel/${V}/unichemformat.so
|
||||
lib/openbabel/${V}/viewmolformat.so
|
||||
lib/openbabel/${V}/xedformat.so
|
||||
lib/openbabel/${V}/xmlformat.so
|
||||
lib/openbabel/${V}/xtcformat.so
|
||||
lib/openbabel/${V}/xyzformat.so
|
||||
lib/openbabel/${V}/yasaraformat.so
|
||||
lib/openbabel/${V}/zindoformat.so
|
||||
|
||||
@ -1,41 +1,53 @@
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||||
@comment $OpenBSD: PLIST,v 1.3 2007/07/08 17:50:48 ajacoutot Exp $
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||||
@comment $OpenBSD: PLIST,v 1.4 2008/08/20 16:08:11 ajacoutot Exp $
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||||
%%SHARED%%
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||||
bin/babel
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||||
bin/obchiral
|
||||
bin/obenergy
|
||||
bin/obfit
|
||||
bin/obgrep
|
||||
bin/obminimize
|
||||
bin/obprop
|
||||
bin/obrotamer
|
||||
bin/obrotate
|
||||
bin/roundtrip
|
||||
@bin bin/babel
|
||||
@bin bin/obchiral
|
||||
@bin bin/obconformer
|
||||
@bin bin/obenergy
|
||||
@bin bin/obfit
|
||||
@bin bin/obgen
|
||||
@bin bin/obgrep
|
||||
@bin bin/obminimize
|
||||
@bin bin/obprobe
|
||||
@bin bin/obprop
|
||||
@bin bin/obrotamer
|
||||
@bin bin/obrotate
|
||||
@bin bin/roundtrip
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||||
include/inchi/
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include/inchi/inchi_api.h
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||||
include/openbabel-2.0/
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||||
include/openbabel-2.0/openbabel/
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||||
include/openbabel-2.0/openbabel/alias.h
|
||||
include/openbabel-2.0/openbabel/atom.h
|
||||
include/openbabel-2.0/openbabel/atomclass.h
|
||||
include/openbabel-2.0/openbabel/babelconfig.h
|
||||
include/openbabel-2.0/openbabel/base.h
|
||||
include/openbabel-2.0/openbabel/bitvec.h
|
||||
include/openbabel-2.0/openbabel/bond.h
|
||||
include/openbabel-2.0/openbabel/bondtyper.h
|
||||
include/openbabel-2.0/openbabel/builder.h
|
||||
include/openbabel-2.0/openbabel/canon.h
|
||||
include/openbabel-2.0/openbabel/chains.h
|
||||
include/openbabel-2.0/openbabel/chemdrawcdx.h
|
||||
include/openbabel-2.0/openbabel/chiral.h
|
||||
include/openbabel-2.0/openbabel/data.h
|
||||
include/openbabel-2.0/openbabel/descriptor.h
|
||||
include/openbabel-2.0/openbabel/dlhandler.h
|
||||
include/openbabel-2.0/openbabel/fingerprint.h
|
||||
include/openbabel-2.0/openbabel/forcefield.h
|
||||
include/openbabel-2.0/openbabel/format.h
|
||||
include/openbabel-2.0/openbabel/generic.h
|
||||
include/openbabel-2.0/openbabel/grid.h
|
||||
include/openbabel-2.0/openbabel/griddata.h
|
||||
include/openbabel-2.0/openbabel/groupcontrib.h
|
||||
include/openbabel-2.0/openbabel/internalcoord.h
|
||||
include/openbabel-2.0/openbabel/kinetics.h
|
||||
include/openbabel-2.0/openbabel/lineend.h
|
||||
include/openbabel-2.0/openbabel/locale.h
|
||||
include/openbabel-2.0/openbabel/math/
|
||||
include/openbabel-2.0/openbabel/math/matrix3x3.h
|
||||
include/openbabel-2.0/openbabel/math/spacegroup.h
|
||||
include/openbabel-2.0/openbabel/math/transform3d.h
|
||||
include/openbabel-2.0/openbabel/math/vector3.h
|
||||
include/openbabel-2.0/openbabel/matrix.h
|
||||
include/openbabel-2.0/openbabel/mol.h
|
||||
@ -45,182 +57,241 @@ include/openbabel-2.0/openbabel/oberror.h
|
||||
include/openbabel-2.0/openbabel/obiter.h
|
||||
include/openbabel-2.0/openbabel/obmolecformat.h
|
||||
include/openbabel-2.0/openbabel/obutil.h
|
||||
include/openbabel-2.0/openbabel/op.h
|
||||
include/openbabel-2.0/openbabel/optransform.h
|
||||
include/openbabel-2.0/openbabel/parsmart.h
|
||||
include/openbabel-2.0/openbabel/patty.h
|
||||
include/openbabel-2.0/openbabel/phmodel.h
|
||||
include/openbabel-2.0/openbabel/pluginiter.h
|
||||
include/openbabel-2.0/openbabel/plugin.h
|
||||
include/openbabel-2.0/openbabel/pointgroup.h
|
||||
include/openbabel-2.0/openbabel/rand.h
|
||||
include/openbabel-2.0/openbabel/reaction.h
|
||||
include/openbabel-2.0/openbabel/residue.h
|
||||
include/openbabel-2.0/openbabel/ring.h
|
||||
include/openbabel-2.0/openbabel/rotamer.h
|
||||
include/openbabel-2.0/openbabel/rotor.h
|
||||
include/openbabel-2.0/openbabel/tokenst.h
|
||||
include/openbabel-2.0/openbabel/typer.h
|
||||
include/openbabel-2.0/openbabel/xml.h
|
||||
lib/libinchi.a
|
||||
lib/libinchi.la
|
||||
lib/libopenbabel.a
|
||||
lib/libopenbabel.la
|
||||
lib/openbabel/
|
||||
lib/openbabel/APIInterface.a
|
||||
lib/openbabel/APIInterface.la
|
||||
lib/openbabel/CSRformat.a
|
||||
lib/openbabel/CSRformat.la
|
||||
lib/openbabel/PQSformat.a
|
||||
lib/openbabel/PQSformat.la
|
||||
lib/openbabel/acrformat.a
|
||||
lib/openbabel/acrformat.la
|
||||
lib/openbabel/alchemyformat.a
|
||||
lib/openbabel/alchemyformat.la
|
||||
lib/openbabel/amberformat.a
|
||||
lib/openbabel/amberformat.la
|
||||
lib/openbabel/balstformat.a
|
||||
lib/openbabel/balstformat.la
|
||||
lib/openbabel/bgfformat.a
|
||||
lib/openbabel/bgfformat.la
|
||||
lib/openbabel/boxformat.a
|
||||
lib/openbabel/boxformat.la
|
||||
lib/openbabel/cacaoformat.a
|
||||
lib/openbabel/cacaoformat.la
|
||||
lib/openbabel/cacheformat.a
|
||||
lib/openbabel/cacheformat.la
|
||||
lib/openbabel/cansmilesformat.a
|
||||
lib/openbabel/cansmilesformat.la
|
||||
lib/openbabel/carformat.a
|
||||
lib/openbabel/carformat.la
|
||||
lib/openbabel/cccformat.a
|
||||
lib/openbabel/cccformat.la
|
||||
lib/openbabel/cdxmlformat.a
|
||||
lib/openbabel/cdxmlformat.la
|
||||
lib/openbabel/chem3dformat.a
|
||||
lib/openbabel/chem3dformat.la
|
||||
lib/openbabel/chemdrawcdxformat.a
|
||||
lib/openbabel/chemdrawcdxformat.la
|
||||
lib/openbabel/chemdrawctformat.a
|
||||
lib/openbabel/chemdrawctformat.la
|
||||
lib/openbabel/chemtoolformat.a
|
||||
lib/openbabel/chemtoolformat.la
|
||||
lib/openbabel/cifformat.a
|
||||
lib/openbabel/cifformat.la
|
||||
lib/openbabel/cmlformat.a
|
||||
lib/openbabel/cmlformat.la
|
||||
lib/openbabel/cmlreactlformat.a
|
||||
lib/openbabel/cmlreactlformat.la
|
||||
lib/openbabel/copyformat.a
|
||||
lib/openbabel/copyformat.la
|
||||
lib/openbabel/crkformat.a
|
||||
lib/openbabel/crkformat.la
|
||||
lib/openbabel/cssrformat.a
|
||||
lib/openbabel/cssrformat.la
|
||||
lib/openbabel/dmolformat.a
|
||||
lib/openbabel/dmolformat.la
|
||||
lib/openbabel/fastaformat.a
|
||||
lib/openbabel/fastaformat.la
|
||||
lib/openbabel/fastsearchformat.a
|
||||
lib/openbabel/fastsearchformat.la
|
||||
lib/openbabel/fchkformat.a
|
||||
lib/openbabel/fchkformat.la
|
||||
lib/openbabel/featformat.a
|
||||
lib/openbabel/featformat.la
|
||||
lib/openbabel/fhformat.a
|
||||
lib/openbabel/fhformat.la
|
||||
lib/openbabel/fingerprintformat.a
|
||||
lib/openbabel/fingerprintformat.la
|
||||
lib/openbabel/freefracformat.a
|
||||
lib/openbabel/freefracformat.la
|
||||
lib/openbabel/gamessformat.a
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