science/silo: Backport of patches from Debian to support Python 3
Obtained from: https://salsa.debian.org/science-team/silo-llnl/-/blob/debian/master/debian/patches/python3.patch https://salsa.debian.org/science-team/silo-llnl/-/blob/debian/master/debian/patches/python3.8.patch PR: 249759 Reported by: swills
This commit is contained in:
Danilo G. Baio
parent
58a90fff49
commit
2781b9cadd
Notes:
svn2git
2021-03-31 03:12:20 +00:00
svn path=/head/; revision=550266
@ -4,7 +4,7 @@
|
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PORTNAME= silo
|
PORTNAME= silo
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PORTVERSION= 4.10.2
|
PORTVERSION= 4.10.2
|
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DISTVERSIONSUFFIX= -bsd
|
DISTVERSIONSUFFIX= -bsd
|
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PORTREVISION= 13
|
PORTREVISION= 14
|
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CATEGORIES= science
|
CATEGORIES= science
|
||||||
MASTER_SITES= http://wci.llnl.gov/content/assets/docs/simulation/computer-codes/${PORTNAME}/silo-${PORTVERSION}/
|
MASTER_SITES= http://wci.llnl.gov/content/assets/docs/simulation/computer-codes/${PORTNAME}/silo-${PORTVERSION}/
|
||||||
|
|
||||||
@ -34,7 +34,7 @@ HDF5_PLIST_SUB= SUFX_HDF5="h5"
|
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HDF5_PLIST_SUB_OFF= SUFX_HDF5=""
|
HDF5_PLIST_SUB_OFF= SUFX_HDF5=""
|
||||||
|
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||||||
PYTHON_CONFIGURE_ENABLE= pythonmodule
|
PYTHON_CONFIGURE_ENABLE= pythonmodule
|
||||||
PYTHON_USES= python:2.7
|
PYTHON_USES= python
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||||||
|
|
||||||
post-patch:
|
post-patch:
|
||||||
@${REINPLACE_CMD} -e \
|
@${REINPLACE_CMD} -e \
|
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|
|||||||
11
science/silo/files/patch-configure
Normal file
11
science/silo/files/patch-configure
Normal file
@ -0,0 +1,11 @@
|
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|
--- configure.orig 2020-09-25 00:15:00 UTC
|
||||||
|
+++ configure
|
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|
@@ -30346,7 +30346,7 @@ $as_echo "$am_cv_python_pyexecdir" >&6; }
|
||||||
|
$as_echo_n "checking for Python include path... " >&6; }
|
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|
if test -z "$PYTHON_CPPFLAGS"; then
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|
python_path=`$PYTHON -c "import distutils.sysconfig; \
|
||||||
|
- print distutils.sysconfig.get_python_inc();"`
|
||||||
|
+ print(distutils.sysconfig.get_python_inc());"`
|
||||||
|
if test -n "${python_path}"; then
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|
python_path="-I$python_path"
|
||||||
|
fi
|
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768
science/silo/files/patch-python3
Normal file
768
science/silo/files/patch-python3
Normal file
@ -0,0 +1,768 @@
|
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|
Author: Alastair McKinstry <mckinstry@debian.org>
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|
Description: Changes needed for Python3 support.
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TODO: Changes to the C interface still needed.
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Last-Upated: 2014-05-02
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Forwarded: no
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Index: tests/test_error.py
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===================================================================
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--- tests/test_error.py
|
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|
+++ tests/test_error.py
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@@ -47,6 +47,7 @@
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|
# reflect those of the United States Government or Lawrence Livermore
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# National Security, LLC, and shall not be used for advertising or
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# product endorsement purposes.
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+from __future__ import print_function
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import os
|
||||||
|
import Silo
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|
||||||
|
@@ -56,33 +57,33 @@ elif os.access("multi_ucd3d.h5",os.R_OK)
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|
file = "multi_ucd3d.h5"
|
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|
|
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|
db = Silo.Open(file)
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|
-print "db = ",db
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+print( "db = ",db)
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try:
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|
- print "Trying to set a bad directory"
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|
+ print ("Trying to set a bad directory")
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|
db.SetDir("Magrathea")
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except:
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- print " -- Caught error"
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|
+ print (" -- Caught error")
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|
try:
|
||||||
|
- print "Trying to read a bad variable"
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||||||
|
+ print ("Trying to read a bad variable")
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|
db.GetVar("Arkleseizure")
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|
except:
|
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|
- print " -- Caught error"
|
||||||
|
+ print (" -- Caught error")
|
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||||||
|
-print "Closing...."
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|
+print ("Closing....")
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|
db.Close()
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|
-print "db = ",db
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||||||
|
+print ("db = ",db)
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|
|
||||||
|
try:
|
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|
- print "Trying to set a directory on a closed file"
|
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|
+ print ("Trying to set a directory on a closed file")
|
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|
db.SetDir("domain0")
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||||||
|
except:
|
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|
- print " -- Caught error"
|
||||||
|
+ print (" -- Caught error")
|
||||||
|
|
||||||
|
try:
|
||||||
|
- print "Trying to read a variable on a closed file"
|
||||||
|
+ print ("Trying to read a variable on a closed file")
|
||||||
|
db.SetDir("dtime")
|
||||||
|
except:
|
||||||
|
- print " -- Caught error"
|
||||||
|
+ print (" -- Caught error")
|
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Index: tests/test_read.py
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===================================================================
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|
--- tests/test_read.py
|
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|
+++ tests/test_read.py
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|
@@ -47,6 +47,7 @@
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|
# reflect those of the United States Government or Lawrence Livermore
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||||||
|
# National Security, LLC, and shall not be used for advertising or
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# product endorsement purposes.
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+from __future__ import print_function
|
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|
import os
|
||||||
|
import Silo
|
||||||
|
|
||||||
|
@@ -57,31 +58,31 @@ elif os.access("multi_ucd3d.h5",os.R_OK)
|
||||||
|
file = "multi_ucd3d.h5"
|
||||||
|
|
||||||
|
db = Silo.Open(file)
|
||||||
|
-print "db = ",db
|
||||||
|
-print "db.filename = '%s'"%db.filename
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||||||
|
+print ("db = ",db)
|
||||||
|
+print ("db.filename = '%s'"%db.filename)
|
||||||
|
|
||||||
|
toc = db.GetToc()
|
||||||
|
-print "\n-- TOC --\n",toc
|
||||||
|
+print ("\n-- TOC --\n",toc)
|
||||||
|
|
||||||
|
-print "cycle='%d'"%db.GetVar("cycle")
|
||||||
|
-print "dtime='%f'"%db.GetVar("dtime")
|
||||||
|
-print "_fileinfo='%s'"%db.GetVar("_fileinfo")
|
||||||
|
-print "d_vartypes=",db.GetVar("d_vartypes")
|
||||||
|
-print "d_varnames=",db.GetVar("d_varnames")
|
||||||
|
+print ("cycle='%d'"%db.GetVar("cycle"))
|
||||||
|
+print ("dtime='%f'"%db.GetVar("dtime"))
|
||||||
|
+print ("_fileinfo='%s'"%db.GetVar("_fileinfo"))
|
||||||
|
+print ("d_vartypes=",db.GetVar("d_vartypes"))
|
||||||
|
+print ("d_varnames=",db.GetVar("d_varnames"))
|
||||||
|
|
||||||
|
db.SetDir("block0")
|
||||||
|
toc = db.GetToc()
|
||||||
|
-print "mesh1_coord0=",db.GetVar("mesh1_coord0")[1:10]
|
||||||
|
-print "v_data=",db.GetVar("v_data")[1:10]
|
||||||
|
+print ("mesh1_coord0=",db.GetVar("mesh1_coord0")[1:10])
|
||||||
|
+print ("v_data=",db.GetVar("v_data")[1:10])
|
||||||
|
|
||||||
|
db.SetDir("../block7")
|
||||||
|
toc = db.GetToc()
|
||||||
|
-print "mesh1_coord0=",db.GetVar("mesh1_coord0")[1:10]
|
||||||
|
-print "v_data=",db.GetVar("v_data")[1:10]
|
||||||
|
+print ("mesh1_coord0=",db.GetVar("mesh1_coord0")[1:10])
|
||||||
|
+print ("v_data=",db.GetVar("v_data")[1:10])
|
||||||
|
|
||||||
|
db.Close()
|
||||||
|
|
||||||
|
-print "\n"
|
||||||
|
+print ("\n")
|
||||||
|
|
||||||
|
# ---- file 2 ----
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||||||
|
if os.access("multi_rect3d.pdb",os.R_OK):
|
||||||
|
@@ -90,23 +91,23 @@ elif os.access("multi_rect3d.h5",os.R_OK
|
||||||
|
file = "multi_rect3d.h5"
|
||||||
|
|
||||||
|
db = Silo.Open(file)
|
||||||
|
-print "db = ",db
|
||||||
|
+print ("db = ",db)
|
||||||
|
|
||||||
|
toc = db.GetToc()
|
||||||
|
-print "\n-- TOC --\n",toc
|
||||||
|
+print ("i\n-- TOC --\n",toc)
|
||||||
|
|
||||||
|
-print "cycle='%d'"%db.GetVar("cycle")
|
||||||
|
-print "time='%f'"%db.GetVar("time")
|
||||||
|
-print "_fileinfo='%s'"%db.GetVar("_fileinfo")
|
||||||
|
-print "defvars_defns='%s'"%db.GetVar("defvars_defns")
|
||||||
|
+print ("cycle='%d'"%db.GetVar("cycle"))
|
||||||
|
+print ("time='%f'"%db.GetVar("time"))
|
||||||
|
+print ("_fileinfo='%s'"%db.GetVar("_fileinfo"))
|
||||||
|
+print ("defvars_defns='%s'"%db.GetVar("defvars_defns"))
|
||||||
|
|
||||||
|
db.SetDir("block0")
|
||||||
|
toc = db.GetToc()
|
||||||
|
-print "mesh1_coord0=",db.GetVar("mesh1_coord0")
|
||||||
|
+print ("mesh1_coord0=",db.GetVar("mesh1_coord0"))
|
||||||
|
|
||||||
|
db.SetDir("/block7")
|
||||||
|
toc = db.GetToc()
|
||||||
|
-print "mesh1_coord0=",db.GetVar("mesh1_coord0")
|
||||||
|
+print ("mesh1_coord0=",db.GetVar("mesh1_coord0"))
|
||||||
|
|
||||||
|
db.SetDir("/")
|
||||||
|
toc = db.GetToc()
|
||||||
|
Index: tests/test_write.py
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|
===================================================================
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|
--- tests/test_write.py
|
||||||
|
+++ tests/test_write.py
|
||||||
|
@@ -47,6 +47,7 @@
|
||||||
|
# reflect those of the United States Government or Lawrence Livermore
|
||||||
|
# National Security, LLC, and shall not be used for advertising or
|
||||||
|
# product endorsement purposes.
|
||||||
|
+from __future__ import silo
|
||||||
|
import Silo
|
||||||
|
|
||||||
|
db = Silo.Create("foo.silo", "test file")
|
||||||
|
Index: tools/python/pydbtoc.cpp
|
||||||
|
===================================================================
|
||||||
|
--- tools/python/pydbtoc.cpp
|
||||||
|
+++ tools/python/pydbtoc.cpp
|
||||||
|
@@ -48,6 +48,10 @@
|
||||||
|
// National Security, LLC, and shall not be used for advertising or
|
||||||
|
// product endorsement purposes.
|
||||||
|
|
||||||
|
+// #if PY_MAJOR_VERSION >= 3
|
||||||
|
+#define PyString_FromString(x) PyUnicode_FromString(x)
|
||||||
|
+// #endif
|
||||||
|
+
|
||||||
|
#include "pydbtoc.h"
|
||||||
|
|
||||||
|
// ****************************************************************************
|
||||||
|
@@ -200,7 +204,7 @@ static int DBtoc_print(PyObject *self, F
|
||||||
|
static PyObject *DBtoc_GetN ## nm(PyObject *self, PyObject *args) \
|
||||||
|
{ \
|
||||||
|
DBtoc *toc = ((DBtocObject*)self)->toc; \
|
||||||
|
- PyObject *retval = PyInt_FromLong(toc->n ## nm); \
|
||||||
|
+ PyObject *retval = PyLong_FromLong(toc->n ## nm); \
|
||||||
|
return retval; \
|
||||||
|
} \
|
||||||
|
static PyObject *DBtoc_Get ## nm ## names(PyObject *self, PyObject *args) \
|
||||||
|
@@ -341,46 +345,60 @@ PyTypeObject DBtocType =
|
||||||
|
// Type header
|
||||||
|
//
|
||||||
|
PyObject_HEAD_INIT(&PyType_Type)
|
||||||
|
- 0, // ob_size
|
||||||
|
- "DBtoc", // tp_name
|
||||||
|
- sizeof(DBtocObject), // tp_basicsize
|
||||||
|
- 0, // tp_itemsize
|
||||||
|
+#if PY_MAJOR_VERSION < 3
|
||||||
|
+ ob_size : 0,
|
||||||
|
+#endif
|
||||||
|
+ tp_name : "DBtoc",
|
||||||
|
+ tp_basicsize : sizeof(DBtocObject),
|
||||||
|
+ tp_itemsize : 0,
|
||||||
|
//
|
||||||
|
// Standard methods
|
||||||
|
//
|
||||||
|
- (destructor)DBtoc_dealloc, // tp_dealloc
|
||||||
|
- (printfunc)DBtoc_print, // tp_print
|
||||||
|
- (getattrfunc)DBtoc_getattr, // tp_getattr
|
||||||
|
- 0,//(setattrfunc)DBtoc_setattr, // tp_setattr -- this object is read-only
|
||||||
|
- (cmpfunc)DBtoc_compare, // tp_compare
|
||||||
|
- (reprfunc)0, // tp_repr
|
||||||
|
+ tp_dealloc : (destructor)DBtoc_dealloc,
|
||||||
|
+ tp_print : (printfunc)DBtoc_print,
|
||||||
|
+#if PY_MAJOR_VERSION >= 3
|
||||||
|
+ tp_getattr : 0,
|
||||||
|
+#else
|
||||||
|
+ tp_getattr : (getattrfunc)DBtoc_getattr,
|
||||||
|
+#endif
|
||||||
|
+ tp_setattr : 0, // object is read-only
|
||||||
|
+#if PY_MAJOR_VERSION >= 3
|
||||||
|
+ tp_as_async : (PyAsyncMethods*) NULL,
|
||||||
|
+#else
|
||||||
|
+ tp_compare : (cmpfunc)DBtoc_compare,
|
||||||
|
+#endif
|
||||||
|
+ tp_repr : (reprfunc)0,
|
||||||
|
//
|
||||||
|
// Type categories
|
||||||
|
//
|
||||||
|
- 0, // tp_as_number
|
||||||
|
- 0, // tp_as_sequence
|
||||||
|
- 0, // tp_as_mapping
|
||||||
|
+ tp_as_number : 0,
|
||||||
|
+ tp_as_sequence : 0,
|
||||||
|
+ tp_as_mapping : 0,
|
||||||
|
//
|
||||||
|
// More methods
|
||||||
|
//
|
||||||
|
- 0, // tp_hash
|
||||||
|
- 0, // tp_call
|
||||||
|
- (reprfunc)DBtoc_str, // tp_str
|
||||||
|
- 0, // tp_getattro
|
||||||
|
- 0, // tp_setattro
|
||||||
|
- 0, // tp_as_buffer
|
||||||
|
- Py_TPFLAGS_CHECKTYPES, // tp_flags
|
||||||
|
- "This class wraps a Silo DBtoc object.", // tp_doc
|
||||||
|
- 0, // tp_traverse
|
||||||
|
- 0, // tp_clear
|
||||||
|
- 0, // tp_richcompare
|
||||||
|
- 0 // tp_weaklistoffset
|
||||||
|
+
|
||||||
|
+ tp_hash : 0,
|
||||||
|
+ tp_call : 0,
|
||||||
|
+ tp_str : (reprfunc)DBtoc_str,
|
||||||
|
+ tp_getattro : 0,
|
||||||
|
+ tp_setattro : 0,
|
||||||
|
+ tp_as_buffer : 0,
|
||||||
|
+#if PY_MAJOR_VERSION < 3
|
||||||
|
+ tp_flags : Py_TPFLAGS_CHECKTYPES,
|
||||||
|
+#else
|
||||||
|
+ tp_flags : Py_TPFLAGS_DEFAULT,
|
||||||
|
+#endif
|
||||||
|
+ tp_doc : "This class wraps a Silo DBtoc object.",
|
||||||
|
+ tp_traverse : 0,
|
||||||
|
+ tp_clear : 0,
|
||||||
|
+ tp_richcompare : 0,
|
||||||
|
+ tp_weaklistoffset : 0,
|
||||||
|
// PYTHON 2.2 FROM HERE
|
||||||
|
- ,
|
||||||
|
0,
|
||||||
|
0,
|
||||||
|
0,
|
||||||
|
-
|
||||||
|
+ 0,
|
||||||
|
};
|
||||||
|
|
||||||
|
// ****************************************************************************
|
||||||
|
Index: tools/python/pydbfile.cpp
|
||||||
|
===================================================================
|
||||||
|
--- tools/python/pydbfile.cpp
|
||||||
|
+++ tools/python/pydbfile.cpp
|
||||||
|
@@ -56,6 +56,19 @@
|
||||||
|
|
||||||
|
using std::string;
|
||||||
|
|
||||||
|
+#if PY_MAJOR_VERSION >= 3
|
||||||
|
+#define PyInt_FromLong(x) (PyLong_FromLong(x))
|
||||||
|
+#define PyInt_Check(x) (PyLong_Check(x))
|
||||||
|
+#define PyString_Check(x) PyUnicode_Check(x)
|
||||||
|
+#define PyInt_AS_LONG(x) PyLong_AsLong(x)
|
||||||
|
+#define PyString_FromStringAndSize(x,y) PyUnicode_FromStringAndSize(x,y)
|
||||||
|
+#define PyString_FromString(x) PyUnicode_FromString(x)
|
||||||
|
+#define PyString_AsString(x) PyUnicode_AsUTF8(x)
|
||||||
|
+
|
||||||
|
+#else
|
||||||
|
+#define Py_RETURN_NOTIMPLEMENTED return NULL
|
||||||
|
+#endif
|
||||||
|
+
|
||||||
|
// ****************************************************************************
|
||||||
|
// Method: DBfile_DBGetToc
|
||||||
|
//
|
||||||
|
@@ -75,8 +88,8 @@ static PyObject *DBfile_DBGetToc(PyObjec
|
||||||
|
|
||||||
|
if (!obj->db)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
- SiloErrorFunc("This file has been closed.");
|
||||||
|
- return NULL;
|
||||||
|
+ SiloErrorFunc(self, "This file has been closed.");
|
||||||
|
+ return NULL;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
DBtoc *toc = DBGetToc(obj->db);
|
||||||
|
@@ -122,7 +135,7 @@ static PyObject *DBfile_DBGetVar(PyObjec
|
||||||
|
|
||||||
|
if (!db)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
- SiloErrorFunc("This file has been closed.");
|
||||||
|
+ SiloErrorFunc(self, "This file has been closed.");
|
||||||
|
return NULL;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
@@ -162,7 +175,7 @@ static PyObject *DBfile_DBGetVar(PyObjec
|
||||||
|
return PyString_FromStringAndSize((char*)var, len);
|
||||||
|
}
|
||||||
|
default:
|
||||||
|
- SiloErrorFunc("Unknown variable type.");
|
||||||
|
+ SiloErrorFunc(self, "Unknown variable type.");
|
||||||
|
return NULL;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
}
|
||||||
|
@@ -193,7 +206,7 @@ static PyObject *DBfile_DBGetVar(PyObjec
|
||||||
|
tmp = PyInt_FromLong(((char*)var)[i]);
|
||||||
|
break;
|
||||||
|
default:
|
||||||
|
- SiloErrorFunc("Unknown variable type.");
|
||||||
|
+ SiloErrorFunc(self, "Unknown variable type.");
|
||||||
|
return NULL;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
PyTuple_SET_ITEM(retval, i, tmp);
|
||||||
|
@@ -220,7 +233,7 @@ static PyObject *DBfile_DBGetVarInfo(PyO
|
||||||
|
|
||||||
|
if (!db)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
- SiloErrorFunc("This file has been closed.");
|
||||||
|
+ SiloErrorFunc(self, "This file has been closed.");
|
||||||
|
return NULL;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
@@ -247,7 +260,7 @@ static PyObject *DBfile_DBGetVarInfo(PyO
|
||||||
|
{
|
||||||
|
char msg[256];
|
||||||
|
snprintf(msg, sizeof(msg), "Unable to get object \"%s\"", str);
|
||||||
|
- SiloErrorFunc(msg);
|
||||||
|
+ SiloErrorFunc(self, msg);
|
||||||
|
return NULL;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
@@ -263,7 +276,7 @@ static PyObject *DBfile_DBGetVarInfo(PyO
|
||||||
|
{
|
||||||
|
char msg[256];
|
||||||
|
snprintf(msg, sizeof(msg), "Unable to get component \"%s\" for object \%s\"", compname.c_str(), str);
|
||||||
|
- SiloErrorFunc(msg);
|
||||||
|
+ SiloErrorFunc(self, msg);
|
||||||
|
continue;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
int type = DBGetComponentType(db, str, compname.c_str());
|
||||||
|
@@ -371,7 +384,7 @@ static PyObject *DBfile_DBWrite(PyObject
|
||||||
|
|
||||||
|
if (!db)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
- SiloErrorFunc("This file has been closed.");
|
||||||
|
+ SiloErrorFunc(self, "This file has been closed.");
|
||||||
|
return NULL;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
@@ -495,8 +508,8 @@ static PyObject *DBfile_DBWriteObject(Py
|
||||||
|
|
||||||
|
if (!db)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
- SiloErrorFunc("This file has been closed.");
|
||||||
|
- return NULL;
|
||||||
|
+ SiloErrorFunc(self, "This file has been closed.");
|
||||||
|
+ return NULL;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
char *objname;
|
||||||
|
@@ -591,7 +604,7 @@ static PyObject *DBfile_DBMkDir(PyObject
|
||||||
|
|
||||||
|
if (!db)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
- SiloErrorFunc("This file has been closed.");
|
||||||
|
+ SiloErrorFunc(self, "This file has been closed.");
|
||||||
|
return NULL;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
@@ -601,7 +614,7 @@ static PyObject *DBfile_DBMkDir(PyObject
|
||||||
|
|
||||||
|
if (DBMkDir(db, str))
|
||||||
|
{
|
||||||
|
- SiloErrorFunc("Could not make the directory.");
|
||||||
|
+ SiloErrorFunc(self, "Could not make the directory.");
|
||||||
|
return NULL;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
else
|
||||||
|
@@ -630,7 +643,7 @@ static PyObject *DBfile_DBSetDir(PyObjec
|
||||||
|
|
||||||
|
if (!db)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
- SiloErrorFunc("This file has been closed.");
|
||||||
|
+ SiloErrorFunc(self, "This file has been closed.");
|
||||||
|
return NULL;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
@@ -640,7 +653,7 @@ static PyObject *DBfile_DBSetDir(PyObjec
|
||||||
|
|
||||||
|
if (DBSetDir(db, str))
|
||||||
|
{
|
||||||
|
- SiloErrorFunc("Could not change directories.");
|
||||||
|
+ SiloErrorFunc(self, "Could not change directories.");
|
||||||
|
return NULL;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
else
|
||||||
|
@@ -669,7 +682,7 @@ static PyObject *DBfile_DBClose(PyObject
|
||||||
|
|
||||||
|
if (!db)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
- SiloErrorFunc("This file has been closed.");
|
||||||
|
+ SiloErrorFunc(self, "This file has been closed.");
|
||||||
|
return NULL;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
@@ -678,7 +691,7 @@ static PyObject *DBfile_DBClose(PyObject
|
||||||
|
|
||||||
|
if (DBClose(db))
|
||||||
|
{
|
||||||
|
- SiloErrorFunc("Could not close the file.");
|
||||||
|
+ SiloErrorFunc(self, "Could not close the file.");
|
||||||
|
return NULL;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
else
|
||||||
|
@@ -804,13 +817,15 @@ static int DBfile_print(PyObject *self,
|
||||||
|
// Creation: July 12, 2005
|
||||||
|
//
|
||||||
|
// ****************************************************************************
|
||||||
|
+
|
||||||
|
+#if PY_MAJOR_VERSION < 3
|
||||||
|
static PyObject *DBfile_getattr(PyObject *self, char *name)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
DBfileObject *obj = (DBfileObject*)self;
|
||||||
|
|
||||||
|
if (!obj->db)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
- SiloErrorFunc("This file has been closed.");
|
||||||
|
+ SiloErrorFunc(self, "This file has been closed.");
|
||||||
|
return NULL;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
@@ -828,6 +843,7 @@ static PyObject *DBfile_getattr(PyObject
|
||||||
|
|
||||||
|
return Py_FindMethod(DBfile_methods, self, name);
|
||||||
|
}
|
||||||
|
+#endif
|
||||||
|
|
||||||
|
// ****************************************************************************
|
||||||
|
// Method: DBfile_compare
|
||||||
|
@@ -849,6 +865,17 @@ static int DBfile_compare(PyObject *v, P
|
||||||
|
return (a<b) ? -1 : ((a==b) ? 0 : +1);
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
+// TODO Check this
|
||||||
|
+static PyObject* DBfile_richcompare(PyObject *v, PyObject *w, int op)
|
||||||
|
+{
|
||||||
|
+ switch(op){
|
||||||
|
+ case Py_EQ:{
|
||||||
|
+ if(v == w) Py_RETURN_TRUE;
|
||||||
|
+ Py_RETURN_FALSE;
|
||||||
|
+ }
|
||||||
|
+ default: Py_RETURN_NOTIMPLEMENTED;
|
||||||
|
+ }
|
||||||
|
+}
|
||||||
|
|
||||||
|
// ****************************************************************************
|
||||||
|
// DBfile Python Type Object
|
||||||
|
@@ -859,44 +886,58 @@ static int DBfile_compare(PyObject *v, P
|
||||||
|
// ****************************************************************************
|
||||||
|
PyTypeObject DBfileType =
|
||||||
|
{
|
||||||
|
- //
|
||||||
|
- // Type header
|
||||||
|
- //
|
||||||
|
- PyObject_HEAD_INIT(&PyType_Type)
|
||||||
|
- 0, // ob_size
|
||||||
|
- "DBfile", // tp_name
|
||||||
|
- sizeof(DBfileObject), // tp_basicsize
|
||||||
|
- 0, // tp_itemsize
|
||||||
|
- //
|
||||||
|
- // Standard methods
|
||||||
|
- //
|
||||||
|
- (destructor)DBfile_dealloc, // tp_dealloc
|
||||||
|
- (printfunc)DBfile_print, // tp_print
|
||||||
|
- (getattrfunc)DBfile_getattr, // tp_getattr
|
||||||
|
- 0,//(setattrfunc)DBfile_setattr, // tp_setattr -- this object is read-only
|
||||||
|
- (cmpfunc)DBfile_compare, // tp_compare
|
||||||
|
- (reprfunc)0, // tp_repr
|
||||||
|
- //
|
||||||
|
- // Type categories
|
||||||
|
- //
|
||||||
|
- 0, // tp_as_number
|
||||||
|
- 0, // tp_as_sequence
|
||||||
|
- 0, // tp_as_mapping
|
||||||
|
+ //
|
||||||
|
+ // Type header
|
||||||
|
+ //
|
||||||
|
+ PyObject_HEAD_INIT(&PyType_Type)
|
||||||
|
+#if PY_MAJOR_VERSION < 3
|
||||||
|
+ ob_size : 0,
|
||||||
|
+#endif
|
||||||
|
+ tp_name : "DBfil",
|
||||||
|
+ tp_basicsize : sizeof(DBfileObject),
|
||||||
|
+ tp_itemsize : 0,
|
||||||
|
+ //
|
||||||
|
+ // Standard methods
|
||||||
|
+ //
|
||||||
|
+ tp_dealloc : (destructor)DBfile_dealloc,
|
||||||
|
+ tp_print : (printfunc)DBfile_print,
|
||||||
|
+#if PY_MAJOR_VERSION >= 3
|
||||||
|
+ tp_getattr : 0,
|
||||||
|
+#else
|
||||||
|
+ tp_getattr : (getattrfunc)DBfile_getattr,
|
||||||
|
+#endif
|
||||||
|
+ tp_setattr : 0, // object is read-only
|
||||||
|
+#if PY_MAJOR_VERSION >= 3
|
||||||
|
+ tp_as_async : (PyAsyncMethods*) NULL,
|
||||||
|
+#else
|
||||||
|
+ tp_compare : (cmpfunc)DBfile_compare,
|
||||||
|
+#endif
|
||||||
|
+ tp_repr : (reprfunc)0,
|
||||||
|
+ //
|
||||||
|
+ // Type categories
|
||||||
|
+ //
|
||||||
|
+ tp_as_number : 0,
|
||||||
|
+ tp_as_sequence : 0,
|
||||||
|
+ tp_as_mapping : 0,
|
||||||
|
//
|
||||||
|
// More methods
|
||||||
|
//
|
||||||
|
- 0, // tp_hash
|
||||||
|
- 0, // tp_call
|
||||||
|
- (reprfunc)DBfile_str, // tp_str
|
||||||
|
- 0, // tp_getattro
|
||||||
|
- 0, // tp_setattro
|
||||||
|
- 0, // tp_as_buffer
|
||||||
|
- Py_TPFLAGS_CHECKTYPES, // tp_flags
|
||||||
|
- "This class wraps a Silo DBfile object.", // tp_doc
|
||||||
|
- 0, // tp_traverse
|
||||||
|
- 0, // tp_clear
|
||||||
|
- 0, // tp_richcompare
|
||||||
|
- 0 // tp_weaklistoffset
|
||||||
|
+ tp_hash : 0,
|
||||||
|
+ tp_call : 0,
|
||||||
|
+ tp_str : (reprfunc)DBfile_str,
|
||||||
|
+ tp_getattro : 0,
|
||||||
|
+ tp_setattro : 0,
|
||||||
|
+ tp_as_buffer : 0,
|
||||||
|
+#if PY_MAJOR_VERSION >= 3
|
||||||
|
+ tp_flags : Py_TPFLAGS_DEFAULT,
|
||||||
|
+#else
|
||||||
|
+ tp_flags : Py_TPFLAGS_CHECKTYPES,
|
||||||
|
+#endif
|
||||||
|
+ tp_doc : "This class wraps a Silo DBfile object.",
|
||||||
|
+ tp_traverse : 0,
|
||||||
|
+ tp_clear : 0,
|
||||||
|
+ tp_richcompare : (richcmpfunc)DBfile_richcompare,
|
||||||
|
+ tp_weaklistoffset : 0,
|
||||||
|
};
|
||||||
|
|
||||||
|
// ****************************************************************************
|
||||||
|
Index: tools/python/pysilo.h
|
||||||
|
===================================================================
|
||||||
|
--- tools/python/pysilo.h
|
||||||
|
+++ tools/python/pysilo.h
|
||||||
|
@@ -65,6 +65,6 @@
|
||||||
|
((PY_MAJOR_VERSION==Maj) && (PY_MINOR_VERSION>Min)) || \
|
||||||
|
(PY_MAJOR_VERSION>Maj))
|
||||||
|
|
||||||
|
-void SiloErrorFunc(const char *errString);
|
||||||
|
+void SiloErrorFunc(PyObject *self, const char *errString);
|
||||||
|
|
||||||
|
#endif
|
||||||
|
Index: tools/python/pysilo.cpp
|
||||||
|
===================================================================
|
||||||
|
--- tools/python/pysilo.cpp
|
||||||
|
+++ tools/python/pysilo.cpp
|
||||||
|
@@ -57,14 +57,16 @@
|
||||||
|
#include <iostream>
|
||||||
|
using namespace std;
|
||||||
|
|
||||||
|
-static PyObject *SiloError;
|
||||||
|
-static PyObject *siloModule = 0;
|
||||||
|
-
|
||||||
|
-//
|
||||||
|
-// Method table
|
||||||
|
-//
|
||||||
|
-
|
||||||
|
-std::vector<PyMethodDef> SiloMethods;
|
||||||
|
+struct silo_state {
|
||||||
|
+ PyObject *error;
|
||||||
|
+};
|
||||||
|
+
|
||||||
|
+#if PY_MAJOR_VERSION >= 3
|
||||||
|
+#define GETSTATE(m) ((struct silo_state*)PyModule_GetState(m))
|
||||||
|
+#else
|
||||||
|
+#define GETSTATE(m) (&_state)
|
||||||
|
+static struct silo_state _state;
|
||||||
|
+#endif
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
// ****************************************************************************
|
||||||
|
@@ -85,38 +87,10 @@ std::vector<PyMethodDef> SiloMethods;
|
||||||
|
// ****************************************************************************
|
||||||
|
|
||||||
|
void
|
||||||
|
-SiloErrorFunc(const char *errString)
|
||||||
|
-{
|
||||||
|
- PyErr_SetString(SiloError, errString);
|
||||||
|
-}
|
||||||
|
-
|
||||||
|
-// ****************************************************************************
|
||||||
|
-// Function: AddMethod
|
||||||
|
-//
|
||||||
|
-// Purpose:
|
||||||
|
-// This function adds a method to the Silo module's Python method table.
|
||||||
|
-//
|
||||||
|
-// Arguments:
|
||||||
|
-// methodName : The name of the method.
|
||||||
|
-// cb : The Python callback function.
|
||||||
|
-// doc : The documentation string for the method.
|
||||||
|
-//
|
||||||
|
-// Programmer: Brad Whitlock
|
||||||
|
-// Creation: Tue Sep 4 15:36:47 PST 2001
|
||||||
|
-//
|
||||||
|
-// Modifications:
|
||||||
|
-//
|
||||||
|
-// ****************************************************************************
|
||||||
|
-static void
|
||||||
|
-AddMethod(const char *methodName, PyObject *(cb)(PyObject *, PyObject *),
|
||||||
|
- const char *doc = NULL)
|
||||||
|
+SiloErrorFunc(PyObject *self, const char *errString)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
- PyMethodDef newMethod;
|
||||||
|
- newMethod.ml_name = (char *)methodName;
|
||||||
|
- newMethod.ml_meth = cb;
|
||||||
|
- newMethod.ml_flags = METH_VARARGS;
|
||||||
|
- newMethod.ml_doc = (char *)doc;
|
||||||
|
- SiloMethods.push_back(newMethod);
|
||||||
|
+ struct silo_state *st = GETSTATE(self);
|
||||||
|
+ PyErr_SetString(st->error, errString);
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
@@ -208,6 +182,47 @@ PyObject *silo_Create(PyObject *self, Py
|
||||||
|
return DBfile_NEW(db);
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
+static PyMethodDef silo_methods[] = {
|
||||||
|
+ {"Open", silo_Open, METH_VARARGS, NULL},
|
||||||
|
+ {"Create", silo_Create, METH_VARARGS, NULL },
|
||||||
|
+ {NULL, NULL}
|
||||||
|
+};
|
||||||
|
+
|
||||||
|
+
|
||||||
|
+#if PY_MAJOR_VERSION >= 3
|
||||||
|
+
|
||||||
|
+static int silo_Traverse(PyObject *m, visitproc visit, void *arg) {
|
||||||
|
+ Py_VISIT(GETSTATE(m)->error);
|
||||||
|
+ return 0;
|
||||||
|
+}
|
||||||
|
+
|
||||||
|
+static int silo_Clear(PyObject *m) {
|
||||||
|
+ Py_CLEAR(GETSTATE(m)->error);
|
||||||
|
+ return 0;
|
||||||
|
+}
|
||||||
|
+
|
||||||
|
+static struct PyModuleDef moduledef = {
|
||||||
|
+ m_base : PyModuleDef_HEAD_INIT,
|
||||||
|
+ m_name : "Silo",
|
||||||
|
+ m_doc : NULL,
|
||||||
|
+ m_size : sizeof(struct silo_state),
|
||||||
|
+ m_methods : silo_methods,
|
||||||
|
+ m_slots : NULL,
|
||||||
|
+ m_traverse : silo_Traverse,
|
||||||
|
+ m_clear : silo_Clear,
|
||||||
|
+ m_free : NULL
|
||||||
|
+};
|
||||||
|
+
|
||||||
|
+#define ADD_CONSTANT(C) PyDict_SetItemString(d, #C, PyLong_FromLong(C))
|
||||||
|
+#define INITERROR return NULL
|
||||||
|
+
|
||||||
|
+#else // Python2.*
|
||||||
|
+
|
||||||
|
+#define ADD_CONSTANT(C) PyDict_SetItemString(d, #C, PyInt_FromLong(C))
|
||||||
|
+#define INITERROR return
|
||||||
|
+
|
||||||
|
+#endif
|
||||||
|
+
|
||||||
|
// ****************************************************************************
|
||||||
|
// Method: initSilo
|
||||||
|
//
|
||||||
|
@@ -226,23 +241,39 @@ PyObject *silo_Create(PyObject *self, Py
|
||||||
|
// contents returned by GetVarInfo method.
|
||||||
|
//
|
||||||
|
// ****************************************************************************
|
||||||
|
-#define ADD_CONSTANT(C) PyDict_SetItemString(d, #C, PyInt_FromLong(C))
|
||||||
|
+
|
||||||
|
+
|
||||||
|
+
|
||||||
|
+#if PY_MAJOR_VERSION >= 3
|
||||||
|
+PyMODINIT_FUNC PyInit_Silo(void)
|
||||||
|
+#else
|
||||||
|
extern "C" void initSilo()
|
||||||
|
+#endif
|
||||||
|
{
|
||||||
|
- AddMethod("Open", silo_Open,
|
||||||
|
- "Usage: Open(filename [, DB_READ|DB_APPEND]])");
|
||||||
|
- AddMethod("Create", silo_Create,
|
||||||
|
- "Usage: Create(filename , info [, DB_PDB|DB_HDF5 [, DB_CLOBBER|DB_NOCLOBBER]])");
|
||||||
|
- AddMethod(NULL, NULL);
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
- siloModule = Py_InitModule("Silo", &SiloMethods[0]);
|
||||||
|
-
|
||||||
|
- PyObject *d;
|
||||||
|
- d = PyModule_GetDict(siloModule);
|
||||||
|
- SiloError = PyErr_NewException("Silo.SiloException", NULL, NULL);
|
||||||
|
- PyDict_SetItemString(d, "SiloException", SiloError);
|
||||||
|
|
||||||
|
+ struct silo_state *st;
|
||||||
|
+ PyObject *d;
|
||||||
|
+
|
||||||
|
+#if PY_MAJOR_VERSION >= 3
|
||||||
|
+ PyObject *module = PyModule_Create(&moduledef);
|
||||||
|
+#else
|
||||||
|
+ PyObject *module = Py_InitModule("Silo", silo_methods);
|
||||||
|
+#endif
|
||||||
|
+
|
||||||
|
+ if (module == NULL)
|
||||||
|
+ INITERROR;
|
||||||
|
+
|
||||||
|
+ st = GETSTATE(module);
|
||||||
|
+ st->error = PyErr_NewException("Silo.SiloException", NULL, NULL);
|
||||||
|
+ // PyDict_SetItemString(d, "SiloException", SiloError);
|
||||||
|
+ if (st->error == NULL) {
|
||||||
|
+ Py_DECREF(module);
|
||||||
|
+ INITERROR;
|
||||||
|
+ }
|
||||||
|
+ d = PyModule_GetDict(module);
|
||||||
|
+
|
||||||
|
// File Drivers
|
||||||
|
ADD_CONSTANT(DB_PDB);
|
||||||
|
ADD_CONSTANT(DB_HDF5);
|
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@@ -322,4 +353,8 @@ extern "C" void initSilo()
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ADD_CONSTANT(DB_VARTYPE_MATERIAL);
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ADD_CONSTANT(DB_VARTYPE_SPECIES);
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ADD_CONSTANT(DB_VARTYPE_LABEL);
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+
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+#if PY_MAJOR_VERSION >=3
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+ return module;
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+#endif
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}
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45
science/silo/files/patch-python3.8
Normal file
45
science/silo/files/patch-python3.8
Normal file
@ -0,0 +1,45 @@
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Description: Fix for API change with python3.8
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Author: Alastair McKinstry <mckinstry@debian.org>
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Last-Updated: 2019-10-25
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Forwarded: no
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Index: tools/python/pydbfile.cpp
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===================================================================
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--- tools/python/pydbfile.cpp
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+++ tools/python/pydbfile.cpp
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@@ -69,6 +69,7 @@ using std::string;
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#define Py_RETURN_NOTIMPLEMENTED return NULL
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#endif
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+
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// ****************************************************************************
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// Method: DBfile_DBGetToc
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//
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@@ -900,7 +901,11 @@ PyTypeObject DBfileType =
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// Standard methods
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//
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tp_dealloc : (destructor)DBfile_dealloc,
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+#if (PY_MAJOR_VERSION <= 3) && (PY_MINOR_VERSION <= 7)
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tp_print : (printfunc)DBfile_print,
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+#else
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+ tp_vectorcall_offset : (printfunc)DBfile_print,
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+#endif
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#if PY_MAJOR_VERSION >= 3
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tp_getattr : 0,
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#else
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Index: tools/python/pydbtoc.cpp
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===================================================================
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--- tools/python/pydbtoc.cpp
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+++ tools/python/pydbtoc.cpp
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@@ -355,7 +355,11 @@ PyTypeObject DBtocType =
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// Standard methods
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//
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tp_dealloc : (destructor)DBtoc_dealloc,
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+#if (PY_MAJOR_VERSION <= 3) && (PY_MINOR_VERSION <= 7)
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tp_print : (printfunc)DBtoc_print,
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+#else
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+ tp_vectorcall_offset : (printfunc)DBtoc_print,
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+#endif
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#if PY_MAJOR_VERSION >= 3
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tp_getattr : 0,
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#else
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